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多肽合成中活泼的侧链基团要加以永久性的保护,使其在a-氨基的脱保护反应和氨基酸缩合反应中保持稳定。它们的这种永久性保护与a-氨基的暂时性保护配套形成正交保护,待所有缩合反应完成后再将保护基团在一定的条件下脱除。Fmoc-氨基酸的侧链保护基应在碱性条件下稳定,在酸性条件下(TFA)脱除。以下是各个不同的氨基酸侧链常用的保护基团。
1、天冬氨酸(Asp)和谷氨酸(Glu)
Asp和Glu侧链羧基常用tBu保护。可用TFA,TMSBr等脱除。但是用tBu保护仍有侧链环化形成酞亚胺的副反应发生。近年来发展了一些新的保护基如环烷醇酯、金刚烷醇酯等可减轻这一副反应,这些保护基可用三氟甲磺酸三甲硅烷酯(TMSOTf)除去。
2、丝氨酸(Ser)、苏氨酸(Thr)和酪氨酸(Tyr)
丝氨酸(Ser)、苏氨酸(Thr)和酪氨酸(Tyr)的羟基Tyr的酚羟基通常用叔丁基(tBu)保护。
3、天冬酰胺(Asn)和谷氨酞胺(Gln)
Asn和Gln的a-羧基活化时可能会发生分子内脱氢反应生成氰基化合物。碱性时Gln的侧链可以环化生成酰胺,为避免这些问题,可以用9-咕吨基,2,4,6-三甲氧卞基,4,4'-二甲氧二苯甲基或三苯甲基(Trt)等保护,这四种基团均可用TFA脱除。
4、组氨酸(His)
His是最容易发生消旋化的氨基酸,Boc基团是一个较理想的保护基,降低了咪唑环的碱性,抑制了消旋。
5、半胱氨酸(Cys)
CyS的-SH具有强亲核性,易被酰化成硫醚,也易被氧化为二硫键,常用保护基有二类:一类用TFA可脱除,如对甲苄基、对甲氧苄基和二苯甲基等;第二类可用(CF3CO)3T1 / TFA脱除,对TFA稳定。如tBu, Bom和乙酰胺甲基等,第三类对弱酸稳定,如苄基和叔丁硫基(StBu)等,CyS(StBu)可用琉基试剂和磷试剂还原,CyS(BZl)可用Na/NH3脱保护。
6、精氨酸(Arg)
Arg的胍基具有强亲核性和碱性,必须加以保护。理想的情况是三个氮都加以保护,实际上保护1或2个胍基氮原子。保护基分四类:硝基、烷氧羰基、磺酰基和三苯甲基。
7、赖氨酸(Lys)
Lys ε -NH3必须加以保护。但与a-NH3的保护方式不同,该保护基要到肽链合成后除去。ε -NH3的保护无消旋问题,可以采用酰基保护基,其它常用的保护基有苄氧碳基和Boc。