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从氨基酸的侧链结构看,可以分为三大类:不含极性侧链的中性残基、含侧链羧基的酸性残基及含氨基、胍基或咪唑环的碱性残基。他们各自的酸碱性与其等电点相关
当肽链中含有的Asp及Glu残基数多于Lys、Arg及His的残基数时,该肽为酸性肽。反之为碱性肽。尤其是分子量很大的多肽化合物酸碱性的存在不但直接影响其水溶性及分离纯化的条件(如等电点沉淀法、电泳法等),而且存在由离子键介导的三级结构,因而对其生物活性也产生影响。